Kabupaten Samosir adalah hasil pemekaran dari induknya Kabupaten Toba Samosir yang dibentuk berdasarkan Undang-undang Nomor 36 Tahun 2003 tentang Pembentukan Kabupaten Samosir dan Kabupaten Serdang Bedagai di Provinsi Sumatera Utara, yang diresmikan pada tanggal 7 Januari 2004 oleh Menteri Dalam Negeri atas nama Presiden Republik Indonesia. Sejarah Kabupaten Samosir, diawali dari sejarah terbentuknya Kabupaten Tapanuli Utara selaku induk dari beberapa kabupaten pemekaran di Wilayah Tapanuli Utara yakni sebagai berikut :
Mengingat demikian luasnya Wilayah Kabupaten Daerah Tingkat II Tapanuli Utara, maka pada Tahun 1964 dilakukan pemekaran dengan Pembentukan Kabupaten Daerah Tingkat II Dairi yang ibukotanya berkedudukan di Sidikalang. yang pada awal terbentuknya terdiri dari 5 (lima) distrik atau kewedanaan yaitu Kewedanaan Silindung, Toba Holbung, Humbang, Samosir, dan Kewedanaan Dairi. Mengingat demikian luasnya Wilayah Kabupaten Daerah Tingkat II Tapanuli Utara, maka pada Tahun 1964 dilakukan pemekaran dengan Pembentukan Kabupaten Daerah Tingkat II Dairi yang ibukotanya berkedudukan di Sidikalang.
Selanjutnya, walaupun sudah dimekarkan dengan terbentuknya Kabupaten Dairi, Wilayah Kabupaten Daerah Tingkat II Tapanuli Utara yang terdiri dari 27 Kecamatan dan 971 Desa masih dirasakan sangat luas, bahkan masih ada wilayah desa yang harus dijangkau dalam waktu tempuh lebih dari satu hari yang berdampak pada lambatnya laju pertumbuhan pembangunan, maka untuk memperpendek rentang kendali serta mempercepat laju pertumbuhan pembangunan, Pemerintah Kabupaten Daerah Tingkat II Tapanuli Utara bersama masyarakat yang berada di bona pasogit dan putera-puteri Tapanuli Utara yang tinggal di perantauan, khususnya yang tinggal di Medan dan Jakarta sepakat mengusulkan pemekaran kembali Kabupaten Daerah Tingkat II Tapanuli Utara menjadi 2 (dua) kabupaten dengan pembentukan Kabupaten Daerah Tingkat II Toba Samosir. Berkat perjuangan dan kesadaran bersama semua pihak, maka lahirlah Undang-undang Nomor 12 Tahun 1998 tentang Pembentukan Daerah Tingkat II Toba Samosir dan Kabupaten Daerah Tingkat II Mandailing Natal. Kabupaten Daerah Tingkat II Toba Samosir diresmikan oleh Menteri Dalam Negeri atas nama Presiden Republik Indonesia pada tanggal 9 Maret 1999 di Medan.
Pembentukan Daerah Tingkat II Toba Samosir disambut baik dan penuh suka cita oleh masyarakat sebagai sebuah harapan akan peningkatan kesejahteraan sekaligus mendekatkan pelayanan kepada masyarakat seiring bergulirnya reformasi di berbagai bidang kehidupan berbangsa dan bernegara, termasuk di bidang pemerintahan dan politik, lahirlah Undang-undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah yang memberi peluang keleluasaan pada daerah untuk mengatur dan mengurus sendiri rumah tangga daerahnya dalam bentuk pemekaran daerah atau pembentukan daerah otonom baru.
Di tengah perjalanan 4 (empat) tahun usia Kabupaten Toba Samosir, masyarakat Samosir yang bermukim di bona pasogit bersama putera-puteri Samosir yang tinggal di perantauan kembali melakukan upaya pemekaran untuk membentuk Samosir menjadi kabupaten baru. Perjuangan pembentukannya diawali pada tanggal 27 Mei 2002 dengan penyampaian aspirasi masyarakat Samosir kepada Pemerintah Daerah dan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Toba Samosir. Aspirasi masyarakat tersebut disambut baik oleh kalangan DPRD Kabupaten Toba Samosir dengan menugaskan Komisi A DPRD Kabupaten Toba Samosir mengadakan jajak pendapat pada 9 (sembilan) kecamatan yang berada di Wilayah Samosir.
Maka pada tanggal 20 Juni 2002, DPRD Kabupaten Toba Samosir menggelar Rapat Paripurna Khusus dalam rangka pembahasan dan menyikapi usul Pembentukan Kabupaten Samosir dan dengan berbagai pertimbangan serta latar belakang pemikiran masyarakat, melalui musyawarah mufakat ditetapkan Keputusan DPRD Kabupaten Toba Samosir Nomor 4 Tahun 2002 tentang Pembentukan Pemekaran Kabupaten Toba Samosir untuk Pembentukan Kabupaten Samosir sekaligus merekomendasikan dan mengusulkannya ke Pemerintah Atasan. Dengan surat DPRD Kabupaten Toba Samosir Nomor 171/866/DPRD/2002 tanggal 21 Juni 2002 tentang Usul Pembentukan Kabaupaten Samosir, kemudian disusul dengan surat Ketua DPRD Kabupaten Samosir Nomor 171/878/DPRD/2002 tanggal 24 Juni 2002 tentang Pemekaran Kabupaten Toba Samosir Propinsi Sumatera Utara yang ditujukan masing-masing kepada : DPR RI Cq. Komisi II DPR RI, Gubernur dan Ketua DPRD Propinsi Sumatera Utara.
Dengan rekomendasi DPRD Kabupaten Toba Samosir, pada tanggal 26 Juni 2002 beberapa utusan atau delegasi masyarakat Samosir didampingi Pimpinan DPRD Kabupaten Toba Samosir menemui Menteri Dalam Negeri Republik Indonesia dan Komisi II DPR RI di Jakarta untuk menyampaikan aspirasi masyarakat akan Pemekaran Kabupaten Toba Samosir dengan Pembentukan Kabupaten Samosir.
Berdasarkan Undang-undang Nomor 5 Tahun 1974 tentang Pokok-Pokok Pemerintahan Daerah, guna mempercepat laju pertumbuhan pembangunan serta mendekatkan pelayanan pemerintah kepada masyarakat, maka pada Tahun 1985 Kabupaten Daerah Tingkat II Tapanuli Utara dibagi menjadi 5 (lima) Wilayah Pembangunan yang bersifat Administratif yakni Wilayah Pembangunan I (Silindung) berpusat di Tarutung, Wilayah Pembangunan II (Humbang Timur) berpusat di Siborong-borong, Wilayah Pembangunan III (Humbang Barat) berpusat di Dolok Sanggul, Wilayah Pembangunan IV (Toba) berpusat di Balige dan Wilayah Pembangunan V (Samosir) berpusat di Pangururan yang masing-masing wilayah pembangunan dipimpin oleh seorang Pembantu Bupati.
⊕ Sebelah Utara berbatasan dengan Kabupaten Karo dan Kabupaten Simalungun
⊕ Sebelah Selatan berbatasan dengan Kabupaten Tapanuli Utara dan Kabupaten Humbang Hasundutan
⊕ Sebelah Timur berbatasan dengan Kabupaten Toba Samosir
⊕ Sebelah Barat berbatasan dengan Kabupaten Dairi dan Kabupaten Pakpak Bharat
Atas dasar itu, disepakati bahwa tanggal 7 Januari ditetapkan sebagai Hari Jadi Kabupaten Samosir sesuai dengan Peraturan Daerah Kabupaten Samosir Nomor 28 Tahun 2005 tentang Hari Jadi Kabupaten Samosir.
Seiring dengan diresmikannya Kabupaten Samosir, melalui Keputusan Menteri Dalam Negeri Republik Indonesia Nomor 131.21.27 tanggal 6 Januari 2004 diangkat dan ditetapkan Penjabat Bupati Samosir atas nama Bapak Drs. Wilmar Elyascher Simanjorang, M.Si yang dilantik pada tanggal 15 Januari 2004 di Medan oleh Gubernur Sumatera Utara.
Sesuai dengan kebijakan dan peraturan yang ditetapkan Pemerintah melalui proses demokrasi-ketatanegaraan, pada bulan Juni 2004 diadakan Pemilihan Legislatif untuk memilih Anggota DPR, DPD dan DPRD yang dilanjutkan dengan Pemilihan Langsung Presiden dan Wakil Presiden.